Las primeras ordenanzas datan de 1568, si bien, hay documentos que indican una existencia anterior. Su origen remoto habría que buscarlo en la veneración de los franciscanos por el leño de la Cruz. Por otra parte, la Cofradía siempre estuvo ligada a esta comunidad porque, si bien disponía de capilla propia al lado del templo franciscano, problemas de espacio obligaban a recurrir a éste.

La excelente conservación del archivo nos permite un mejor conocimiento de su historia. Así, sabemos que desde el siglo XVI el sistema de ingreso de cofrades venía marcado por su participación en las procesiones como “hermanos de luz” que alumbraban con hachas las imágenes o insignias, o “hermanos de disciplina” flagelantes.

En un principio, la Cofradía salía en procesión el Jueves y Viernes Santo. Fuera del tiempo de Pasión, colaboraba en el Corpus Christi y en el desfile organizado con motivo de su festividad, “La Cruz de Mayo”.

De ese primer momento se conservan dos esculturas procesionales: un Cristo Crucificado fechado hacia 1560 y un Cristo Flagelado, quizás ambos del mismo autor.

En 1613 se documentan los últimos pagos al escultor astorgano Gregorio Español por la realización del Cristo Articulado, imagen que participa en la representación del Desenclavo de Cristo.

Ya en el siglo XIX, la Guerra de la Independencia frenó el proceso evolutivo pero, aún así, se reconstruyó el edificio de la capilla en el reinado de Fernando VII y se encargó el paso de la Oración del Huerto, realizado en Santiago de Compostela por José Jacobo Linares, hoy en San Justo de la Vega.

El siglo XX traerá consigo una reorganización de toda la Semana Santa. Se crea la Junta Profomento, nacen nuevas cofradías y las llamadas históricas, caso de la Vera Cruz, entran en un proceso de renovación.

Se establece que el día de Jueves Santo se celebre la Procesión de los Pasos. Ésta se mantendrá hasta 1963 y en ella desfilaban los “niños nazarenos”, pertenecientes a la Vera Cruz. Con ellos salía el paso de la Oración del Huerto, la Cruz Verde, San Pedro y el Prendimiento, que se adquirió en 1909. En la tarde del Viernes Santo tendría lugar la Procesión del Santo Entierro, en la que participarían: la Cruz Verde, San Juan Evangelista, la Virgen de la Soledad y la Urna con el Cristo Yacente, interrumpiéndose el Acto del Descendimiento que no reaparecerá hasta 1989. En cuanto al patrimonio artístico la renovación traerá nuevas imágenes procedentes de talleres levantinos. En 1907 llega el San Juan Evangelista. La euforia es tal que la Cofradía de la Vera Cruz abre una suscripción popular para la adquisición de nuevas piezas.

Se compra en 1909 las Lágrimas de San Pedro realizado en Barcelona por Francisco P. Gómara y el Prendimiento o Beso de Judas, obra del valenciano José Romero Tena de inspiración salzillesca.

En 1923, la Junta Profomento adquiere el Descendimiento, obra también de José Romero Tena y cuya custodia va a ceder a la Vera Cruz, siendo desde entonces parte esencial de la procesión del Santo Entierro.

Tras una etapa de decaimiento de la Semana Santa en general en las décadas de los años 60 y 70, se producirá un resurgimiento en la de los 80 y consecuencia de ello habrá novedades.

En 1982 salió por vez primera la Procesión del Resucitado, el Domingo de Pascua. En 1989, se recupera el Acto del Desenclavo en el transcurso de la Procesión del Santo Entierro. Otra novedad sería la Procesión Penitencial de la madrugada del Viernes Santo.